Una vegada aplicades les diferents metodologies d'avaluació a la informació disponible, la AIReF conclou que existeixen clares deficiències que posen en qüestió la qualitat de la despesa en PAE i considera necessari identificar quins programes, serveis i itineraris són més eficaços per a poder fer una assignació eficient dels recursos públics.
A més, la institució constata que els objectius del repartiment a través de la Conferència Sectorial no estan clarament definits i que a les últimes dècades han anat canviant sense haver valorat la seva eficàcia. Així mateix, assegura que la traçabilitat de la despesa és insuficient per a poder conèixer els fluxos de principi a fi i que els criteris comptables no estan normalitzats, la qual cosa fa que Espanya estigui allunyada de les millors pràctiques internacionals.